Családi rák exome szekvenálás

Kiegészítő adatok Az exome szekvenálás a biallelic MSH3 csíravonal mutációkat azonosítja a kolorektális adenomatous polyposis recesszív altípusaként A kolorektális adenomatozus polipózis által érintett családok kb. További magas áthatolású ok-okozati mutációkkal rendelkező gének feltárása céljából független egyedből leomeziták DNS-ének exome-szekvenálását végeztük el magyarázatlan adenomatozás polipózissal.

Két független egyént azonosítottunk, amelyek eltérő vegyület-heterozigóta funkciócsökkenés LoF csíravonal-mutációval rendelkeznek az MSH3 eltérés-javító génben.

Az MSH3 mutációk c. A betegek daganatszövetének vizsgálata kimutatta a di- és tetranukleotidok EMAST nagy mikroszatellit instabilitását, az immunhisztokémiai festés pedig a nukleáris MSH3 teljes veszteségét mutatta a normál és a daganatos szövetekben, megerősítve a LoF hatást és a mutációk okozati relevanciáját.

Az általános populációban az MSH3 mutációk származása, genotípusa és gyakorisága megegyezik az családi rák exome szekvenálás öröklési móddal. Mindkét indexben szenvedő testvérnek azonos mutációi vannak.

\

A tumorspektrum e négy személyben vastagbél és nyombél adenómákat, vastagbélrákot, gyomorrákot és egy korai kezdetű asztrocitómát tartalmazott. Ezenkívül egy, a Biallelic PMS2 csíravonal mutációval nem összefüggő egyént is kimutattunk, ami alkotmányos eltérés-javítási hiányt jelent. A további 14 jelölt gén esetleges ok-okozati változatai további 26 személyben azonosíthatók, további munkát igényelnek.

Ebben a tanulmányban a biallelicus csíravonal MSH3 mutációkat azonosítottunk azoknál a betegeknél, akiknél feltételezett örökletes tumor szindróma. Adataink azt sugallják, hogy az MSH3 mutációk egy további recesszív altípust képviselnek a kolorektális adenomatozus polipózisban.

Kulcsszavak: családi colorectalis rák, adenomatos polyposis, jelölt gének, eltérésjavítás, exome szekvenálás, masszív párhuzamos szekvenálás, örökletes tumor szindrómák Bevezetés A kolorektum adenomata polipózisos szindrómái prekari eredetű állapotok, amelyeket tucatnyi-ezer adenomatos polip jelenléte jellemez, amelyek - ha korai felismerésük és eltávolításuk nélkül - változatlanul vastagbélrákot CRC eredményeznek.

A fenotípusos spektrum a korai kezdetű megnyilvánulástól kezdve, nagyszámú adenómával és pozitív családi anamnézissel kezdve, az izolált késői kezdetű esetekig, alacsony polipterheléssel.

Itt a gén-azonosítás klasszikus megközelítései, például a kapcsolatok elemzése, nem megvalósíthatók, mivel ezeknek az eseteknek a többsége vagy szórványos, vagy bizonytalan család jellemzi.

Ezenkívül a ritka csíravonal-példányszám-variánsok CNV-k és az alacsony áthatolású variánsok hozzájárulhatnak a kolorektális adenómák kialakulásának genetikai hajlamához. Egy másik örökletes CRC-szindróma, a Lynch-szindróma nem kíséri florid kolorektális polipózist, és családi rák exome szekvenálás mikrosatellit instabil tumorok jellemzik. Ezzel szemben a polipózis vagy a mikroszatellit instabilitás nélküli családi CRC etiológiai szempontból nagyon heterogén.

A további genetikai okok azonosítása kiterjeszti a betegség mechanizmusainak, biológiai útjainak és a lehetséges terápiás célpontoknak a ismereteit.

Anyag és módszerek Kohort és adatgyűjtés Mind a egyénnél megmagyarázhatatlan kolorektális adenomatozus polipózis fordult elő, azaz az APC-ben vagy a MUTYH-ban nem azonosítottak csíravonal-mutációt a kódoló régiók Sanger-szekvenálásával vagy delécióval és duplikációs elemzéssel multiplikált ligációtól függő próbaamplifikációval MLPA. A bevonási kritériumok legalább 20 szinkron vagy 40 metakronos, szövettanilag megerősített kolorektális adenoma jelenléte volt, függetlenül az öröklési mintától vagy az extraintestinalis léziótól.

családi rák exome szekvenálás férfi helmint tabletta

Minden résztvevő közép-európai származású volt a családnév és az önjelentés szerint. A rokonokat csak akkor befolyásolták, ha orvosi nyilvántartásuk megerősítette a felvételi kritériumok teljesülését. Bizottságés a bevonás előtt valamennyi résztvevő írásbeli tájékozott beleegyezését hpv warzen gesicht. Nagy teljesítményű szekvenálás és bioinformatika munkafolyamat A genomi DNS-t a perifériás EDTA-véralvadásgátló vérmintákból extraháltuk a szokásos sózás módszerével.

A SAMtools szoftvert használtuk a duplikált leolvasások megjelölésére, a helyi átalakítás elvégzésére a rövid indelek körül, az alapminőségi pontszámok újrakalibrálására, az egy nukleotid variánsok SNV és a rövid indelek hívására.

A változó hívásminőséget a SAMtools segítségével vizsgáltuk. A minimum minőségi pontszám és a minimális lefedettség 10 × volt. A konszenzusos összeillesztési helyeket befolyásoló szinonimákat vagy intronikus variánsokat kizártuk a további elemzésből. A kapott variánsokat szűrtük 1 ritka csonkoló funkciós veszteség [LoF] változások nonszensz mutációk, framehift indel és mutációk erősen konzervált splicing helyeken és 2 missense variánsok számára, amelyek erősen konzervált nukleotid pozíciókban helyezkednek el, és a szilikon elemző eszközök közül legalább három közül kettőből PolyPhen-2, MutationTaster és SIFT várhatóan betegséget okoz, káros vagy káros.

Böngésző és egy nagy házon belüli exóma adatbázis, amely tartalmazza az összes csíravonal-variánst, melyeket ismert tumoros betegség nélküli egyének kilépésében azonosítottak és hasonló körülmények között szekvenáltak. A nyilvánvaló szekvenálási melléktermékek kizárásához a fennmaradó variánsok részletes vizuális ellenőrzését végeztük egy olvasó böngészővel Integrative Genomics Viewer [IGV].

Kizárólag azon géneket vettük családi rák exome szekvenálás, amelyeket potenciálisan patogén variánsok érintenek a kohorsz legalább két alléljában heterozigóta legalább két egyénben, vagy homozigóta vagy heterozigóta vegyület legalább egy egyedben.

A mutációk etiológiai relevanciáját tovább vizsgálták azok funkcionális variációval szembeni genetikai intoleranciájának értékelésével, amelyet a Residual Variation intolerance Score RVIS 38 alapján mértek, és a haploinsufficiencia valószínűségét haploinsufficiencia pontokkal mérve az S2 adatállományból, beleértve az implikált értékek.

A kolorektális daganatok gyakorisága szomatikus mutációkkal a jelölt génekben A jelölt génekben szomatikus mutációval járó vastagbéldaganatok gyakoriságára százalékra vonatkozó adatokat a The Cancer Genome Atlas TCGA exome adatbázisából szereztük. Az adatok javítása érdekében az utasmutációk jelenlétét kizártuk a hipermutált daganatokat az adatkészletből. A genomikus leukocitákból származó DNS-t használtuk a megfelelő variáns genomiális régiójának amplifikálására.

Az eluált DNS-t ugyanazzal a láncindító-párral újra amplifikáljuk, és a fentiek szerint szekvenáljuk. A plazmidokat szekvenálással igazoltuk. Az MSH3 c.

Gyerekrák genetikai tesztelésének tanulságai

A tranziens transzfektálást HEKT sejtekkel hajtottuk végre, a korábban leírtak szerint. A tumorsejtekben megfestett protein mennyiségét összehasonlítottuk a normál szövetben levő fehérje mennyiségével. Az MMR fehérjemennyiség akkor tekinthető hiányosnak, ha a magok nem mutatnak normál szövethez viszonyítva vagy csak nagyon gyenge immunfestéket.

Az antigén visszanyerésére egy előkezelő modult Medac használtunk. Az MSH3 nyúl poliklonális ellenanyagát, amelyet az 1— aminosavakat tartalmazó NH2-terminális polipeptid ellen termeltünk, 1: hígításban alkalmaztuk.

A paraffinmentesítés után a daganatos szövetet makrodisztilláltuk a festetlen lemezektől. A mikroszatellit állapotának elemzését az előzőekben ismertetett módszerekkel végeztük. Mikroszatellit elemzés A mikroszatellit elemzést párosított tumorsejtek és normál DNS mintákkal végeztük, szokásos fragmenselemzéssel vagy következő generációs szekvencia-analízissel, az előzőekben leírtak szerint.

A 4748es daganatok DNS-ét extraháltuk a mikrorészben felvitt tumorszövetből. A normál DNS-t extraháltuk a normál szöveti családi rák exome szekvenálás perifériás vér leukocitákból. A daganatokat rendkívül instabilnak MSI-H értékelték, ha az öt marker közül kettő vagy több mutatott további allélokat, és stabilnak MSSha az öt marker közül egyik sem mutatott instabilitást.

Az öt markerből álló második panelt kiegészítették. Az egész kohortban az egyének többségének nem volt bizonyítéka az extrakolonikus elváltozásokról, és szórványos vagy izolált esetek voltak. A kohort alapvető klinikai jellemzőit az S2 és S3 táblázatok foglalják össze. Az exome szekvenálás teljes teljesítményét az S1.

Táblázat ismerteti.

családi rák exome szekvenálás papilloma eltávolítás feldolgozása

Egy főkomponens-elemzés kimutatta, hogy az összes résztvevő kivételével Közép-Európából származott S1. Az outliert kizárták a további elemzésekből. Két további személyt engedtek el az alacsony fedezettség miatt. Mintaként mintánként 15 SNV-t hívtak a kódoló és a szomszédos intronos régiókban. Feltételezve, hogy domináns vagy recesszív betegségmodell, számos szigorú szűrési lépést alkalmaztunk a ritka, nem polimorf, csonkoló LoF változatok kiválasztására.

Két független egyént azonosítottunk, amelyek mindegyike két különböző mutációt hordoz az MSH3-ban 1. Egy független személyt is detektáltunk két különböző mutációval a PMS2-ben. Ezenkívül további 14 fehérjét kódoló génben azonosítottak potenciálisan patogén csíravonal-variánsokat S3. Ábra és S4. Nyissa meg egy külön ablakban 1. Az indexben szereplő személyeket családi rák exome szekvenálás jelzik a részleteket lásd a fő szövegben.

A szimbólumok felett az érintett egyének azonosítói vannak megadva. A szimbólum jobb felső sarkában lévő szám megjeleníti a halálkori életkorot, vagy élő személyeknél az utolsó kapcsolattartáskori életkorot. A jobb alsó sarokban a genotípus és a fenotípus adatai jelennek meg. Garat rák tünetei betegséget követő számok az első diagnóziskori életkorot képviselik. A rövidítések a következők: ad, adenómák; CRC, vastagbél-karcinóma; CUP, ismeretlen primer rák; duod, duodenalis; GC, gyomorrák; LC, tüdőrák; polipok, többszörös kolorektális adenomatikus polipok; évek.

Nyissa meg egy külön ablakban 2.

családi rák exome szekvenálás féregtablettákat szedhet

Fehérje szintű hatásaikat az alábbiakban ábrázoljuk egy adaptált MSH3 nyalóka diagramban a MutationMapper segítségével készítve. Az idő előtti leállást egy vörös csillag jelzi, egy lila sáv megváltozott aminosavakat, a piros sáv pedig az elveszített aminosavakat jelöli.

A konzervált funkcionális maradékképességű régiók 43 kiemelésre kerülnek. Ábra az 1A ábrán nőivarú és 36 éves korában kolorektális adenomatozus polipózissal diagnosztizálták.

Három disztális hiperplasztikus polipet szintén dokumentáltak. Ezen túlmenően ezen személynél kórtörténetében proliferációs rendellenességek vannak más szervekben: 35 évesnél pajzsmirigy adenoma, 44 éves korban a corpus uterus és a méh leiomyomasának kis polipja, 44 éves korban perifériás tejmirigyek több kicsi intraductalis papilloma év, és többszörös adenomatos polip a duodenumban 50 éves korban. A retina pigmenthám hipertrófiáját 50 éves korban végzett oftalmológiai vizsgálattal kizárták.

Az Ennek az egyéneknek feltűnő múltbeli kórtörténete van: paraziták a vizeletmintában éves korában II. Fokozatú astrocytoma-t diagnosztizáltak és műtéten kezeltek. A myoma esetében 34 éven át histerektómiát, míg 42 éves korban türeoidektómiát follikulális adenómákra végeztek. Mindkét indexben szereplő személynek volt egy testvére, míg szüleiknek nem volt bejelentése malignus gastrointestinalis betegségről 1.

családi rák exome szekvenálás prosztatarák ciklus krebs

Egyén2; II-1 az 1A ábrán testvére II-4 az 1A ábrán 56 éves korában rektális adenokarcinómát, 59 éves korában azonban jelzősejt-gyomor-karcinómát diagnosztizáltak.

A rendelkezésre álló szövettani jelentések a teljes vastagbél és a proximalis duodenum több tubulovillous adenómáját írják le, akár magas fokú intraepithelialis neoplasia mellett, valamint a keresztirányú vastagbél két hiperplasztikus polipjével. Másodlagos leletként kicsi kétoldalú vese cisztát jelentettek.

Egyed testvérét2; II-3 az 1B ábrán II-2 az 1B ábrán kolorektális polipokkel diagnosztizálták 33 éves korban; 37 éves korában colektómán ment keresztül. Mindkét családban mindegyik érintett egyén egy kereteltolódást és egy illesztési hely-mutációt hordoz 1.

Az összes mutációt Sanger szekvenálással validáltuk 2. Ez megfelel egy ismert szomatikus rákmutációnak, amely a 7. A 16, 2 családban a c. Az illesztési hely mutációi: c.

  1. Gyomorrák Absztrakt A gyomorrákra kifejtett genetikai hajlammal rendelkező személyek felismerése lehetővé teszi a megelőző intézkedéseket.
  2. Gyerekrák Genetikai Tesztelésének Tanulságai
  3. Keserűsó fogyás
  4. Condyloma acuminata ami azt jelenti
  5. Bizonytalan malignus potenciállal rendelkező papilláris urothelialis neoplazma
  6. Helmintox dozavimas

Funkcionális hatásuk kimutatására transzkripciós analízist végeztünk a szélső exonokban található primerekkel 3A. És 3B.

családi rák exome szekvenálás férgek elhalt kezelése

A rövidített transzkriptum szekvenálása megerősítette a es exon elvesztését, ami várhatóan 39 aminosav — veszteségét okozza a keretben a fehérje szintjén. Ezek az aminosavak részt vesznek a DNS felismerésében 2. Családi rák exome szekvenálás várhatóan egy framehift mutációt eredményez a egy korai stop-kodon 16 aminosav után, megváltoztatva a dimerizációs domént 2. Nyissa meg egy külön ablakban 3.

Sáv ; a primereket a Az érintett egyén mintájában egy rövidebb, kb. A rövidebb fragmens szekvenálásával kimutatták a 22 exon veszteségét, amelyet a c. Az érintett személy mintájában egy rövidebb, körülbelül bp sáv látható a várt bp sáv mellett. A rövidebb fragmens szekvenálásával kimutatták az exon 17 veszteségét, amelyet a c. C A család mutációs helyeit amplifikáltuk és szekvenáltuk egy érintetlen testvér limfocita DNS-éből. Heterozigóta állapotban csak az egyik mutáció volt kimutatható, megerősítve, hogy a két mutáció különálló alléleken található.

A rövidebb sáv szekvenálása bebizonyította, hogy az aberráns splicing terméke nem hordozza a cdelC framehift mutációt a Ez megerősíti, hogy a két mutáció különálló átírásokon helyezkedik el, és így különálló alléleket tartalmaz vegyület-heterozigóta állapot.

Kontroll személyekben ExAC böngésző családi rák exome szekvenálás c.

A másik két MSH3 variánsot az általános populációban nem jelentették, és egyik változat sem szerepel a humán génmutációs adatbázisban HGMD. Képesek voltunk paraffinnal beágyazott daganatot és szomszédos normál szöveteket beszerezni az érintett nőtestvérről A vegyület heterozigózisának igazolására leukocita-eredetű DNS-mintát vettünk az Az index egyénnél mutált mindkét régió vizsgálata során kiderült, hogy az érintetlen testvér csak a framehift mutációt hordozza heterozigóta állapotban, és nem az illesztési hely mutációját 1.

C ábra. Az egyes Ábra az 1B.

családi rák exome szekvenálás hogyan lehet eltávolítani a talpi szemölcsöket a lábakon

Ábrán esetében a biallelik genotípusát transzkripciós elemzéssel igazoltuk: a két mutált régiót átfogó amplikon létrehozásával kimutathatjuk, hogy a normál hosszúságú átirat magában foglalja az egy-nukleotid deléciót, ami framehift mutációt eredményez. Ezzel szemben ezt az egy nukleotid deléciót nem észleltük a splicinghely mutációt hordozó allélból átírt rövidített termékben 3D ábra.

A kontroll mintákban egy CRC-vel független személy nem daganatos nyálkahártyáján az MSH3 túlnyomórészt a magokban található. Nyissa meg külön ablakban. B Ezzel szemben a vastagbélrákban szenvedő független alany FFPE normál nyálkahártyájából vett és párhuzamosan kezelt kontrollminták erős MSH3-festéssel mutatnak.

A teljes finn örökletes emlőrákcsaládok szekvenálása

Ugyanezeket az eredményeket kaptuk egy második független kolorektális adenoma vizsgálatánál mindkét indexben résztvevő személynél az adatokat nem mutatjuk be. A skálarudak μm-t képviselnek. Mindkét indexben szereplő adenoma-eredetű DNS-ben a mononukleotid ismétlődések stabilitását találtuk. Ezenkívül számos dinukleotid és tetranukleotid markert megvizsgáltunk annak érdekében, hogy az MSH3 által feldolgozott léziókra összpontosítsunk. Ezen túlmenően az Nyissa meg egy külön ablakban 5.

Az egyes tumormintákban az öt marker közül kettő vagy három egyértelmű instabilitást mutatott, és így megnövekedett mikroszatellit instabilitást mutatott a kiválasztott tetranukleotid ismétléseknél EMAST. Az x tengely a fragmentumhosszhoz tartozó csúcspozíciókat jelöli. Felhívjuk figyelmét, hogy a tumor-normál párokban csak x tengely teszi lehetővé a közvetlen összehasonlítást. A csúcsmagasságot meghatározó y tengely általában nem volt szabványosítva. Mindkét index személyét egy második kolorektális adenomában igazoltuk az adatokat nem mutatjuk be.

Érdekeshozzászólások